Gentæthed - Gene density

I genetik er gentætheden for en organisms genom forholdet mellem antallet af gener pr. Antal basepar , normalt skrevet i form af en million basepar eller megabase (Mb). Det menneskelige genom har en gentæthed på 11-15 gener / Mb, mens genomet af C. elegans rundorm skønnes at have 200.

Tilsyneladende simple organismer, såsom bakterier og amøber , har en meget højere gentæthed end mennesker. Bakterielt DNA har en gentæthed i størrelsesordenen 500-1000 gener / Mb. Dette skyldes flere faktorer, herunder at det faktum, at bakterielt DNA ikke har introner . Der er også færre kodoner i bakterielle gener.

Arter

protozoer

arter antal gener basepar i genom (Mb) gentæthed
Babesia microti 3.685 6.4 575,8
Besnoitia besnoiti 8.546 58,8 145,3
Cryptosporidium parvum 3.887 9.1 427.1
Giardia intestinalis 5.388 11.5 468,5
Leishmania donovani 8.123 32.4 250,7
Plasmodium falciparum 5.683 23.5 241.8
Phytophthora infestans 19.344 203.2 95.2
Tetrahymena thermophila 26.996 130.4 207
Theileria parva 4.141 8.3 498,9
Toxoplasma gondii 8.925 64,5 138.4
Trypanosoma cruzi 25,183 32,5 774,9

svampe

arter antal gener basepar i genom (Mb) gentæthed
Agaricus bisporus 11.459 30.7 373.3
Aspergillus nidulans 9,586 30.6 313.3
Aspergillus niger 10.828 35.6 304.2
Candida albicans 6.263 14.7 426.1
Cryptococcus neoformans 7,004 18.6 376,5
Debaryomyces hansenii 6.495 12.1 536,8
Encephalitozoon cuniculi 2.029 2.3 882.2
Eremothecium gossypii 5,356 9.1 588,6
Fusarium oxysporum 21,354 52.4 407,5
Kluyveromyces lactis 5.335 10.6 503,3
Lasiodiplodia theobromae 13.054 43,6 299.4
Neurospora crassa 10.590 41.3 256.4
Saccharomyces cerevisiae 6.445 11.9 541.6
Saccharomyces paradoxus 5.840 12 486,6
Schizosaccharomyces pombe 6,974 12.8 544,8
Talaromyces marneffei 10,138 28.3 358.2
Tremella mesenterica 8.292 27.9 297.2
Trichoderma harzianum 14,294 40,7 351.2
Trichophyton rubrum 8.804 23.1 381.1
Ustilago maydis 6,909 19.9 347,2
Wallemia ichthyophaga 5.000 9.5 526,3
Yarrowia lipolytica 7.144 20.3 351,9

planter

arter almindeligt navn antal gener basepar i genom (Mb) gentæthed
Ananas comosus ananas 25,758 382 67.4
Arabidopsis thaliana thale karse 38,311 119 321,9
Asparges officinalis asparges 32,237 1.187 27.2
Brassica rapa mark sennep 51.592 333 154,9
Cannabis sativa cannabis 31.170 876 35.6
Cajanus cajan duer ærte 33.495 593 56.5
Capsicum annuum peber 41.729 2.909 14.3
Coffea arabica kaffe 56,902 1.094 52
Glycin maks sojabønner 59.905 995,7 60.2
Juglans regia Engelsk valnød 37.996 634,7 59.9
Nicotiana tabacum tobak 74.273 3.734,2 19.9
Olea europaea oliven 47.911 1.316,7 36.4
Oryza sativa ris 35.223 385 91,5
Panicum hallii græs 31.528 511.6 61,6
Physcomitrium patens spredning af jordmos 23.747 472 50.3
Prunus dulcis mandel 26.936 236,9 113,7
Prunus persica fersken 26,412 214.2 123,3
Punica granatum pomegrante 29,281 308.4 94.9
Rosa chinensis Rose 40.349 513,9 78,5
Solanum lycopersicum tomat 31.263 813 38,5
Solanum tuberosum kartoffel 33,606 760 44.2
Theobroma kakao kakao 24.957 335 74,5
Zea mays majs 49.796 2.197 22.7

hvirvelløse

hvirvelløse arter
arter almindeligt navn antal gener basepar i genom (Mb) gentæthed
Aedes aegypti gul feber myg 19.623 1.274 15.4
Anopheles gambiae Afrikansk malariamyg 13,247 250 53
Apis mellifera honningbi 12.374 226 54.8
Caenorhabditis elegans C. elegans 47,632 102 467
Daphnia magna vandloppe 21.549 126 171
Drosophila melanogaster frugtflue 17.868 137 130.4
Hydra vulgaris hydra 22.980 1.055 21.8
Limulus polyphemus hesteskokrabbe 27.318 1.828 14.9
Blæksprutte sinensis blæksprutte 29,784 2.719 11
Pediculus humanus menneskelig lus 10.993 110 99,9
Strongylocentrotus purpuratus lilla søpindsvin 33,504 921 36.4

hvirveldyr ikke-pattedyr

arter almindeligt navn antal gener basepar i genom (Mb) gentæthed
Alligator mississippiensis Amerikansk alligator 25,279 2.161 11.7
Anolis carolinensis anole firben 22,293 1.799 12.4
Astyanax mexicanus Mexicansk tetra 31,695 1.263 25.1
Columba livia Due 26,679 1.063 25.1
Danio rerio zebrafisk 47,350 1.408 33.6
Gallus gallus kylling 24,402 1.043 23.4
Nothobranchius furzeri turkis killifish 25,387 1.052 24.1
Oryzias latipes Japansk risfisk 26.846 746 36
Petromyzon marinus havlampe 22,167 987 22.5
Taeniopygia guttata zebrafink 21.543 1.069 20.2
Takifugu rubripes Japansk puffer 27.413 384 71,8
Xenopus tropicalis tropisk klo frø 28.863 1.468 19.7
Xenopus laevis Afrikansk klo frø 37,283 2.718 13.7

hvirveldyr pattedyr

arter almindeligt navn antal gener basepar i genom (Mb) gentæthed
Acinonyx jubatus gepard 34,482 2.378 14.5
Ailuropoda melanoleuca kæmpepanda 32.950 2.371 13.9
Aotus nancymaae nat abe 31,331 2.861 11
Artibeus jamaicensis Jamaicansk frugt-spise flagermus 31.480 2.316 13.6
Arvicanthis niloticus Afrikansk græsrotte 31.912 2.496 12.8
Balaenoptera acutorostrata vågehval 26.805 2,431 11
Balaenoptera musculus blåhval 27,194 2.105 12.9
Bison bison Amerikansk bison 27,488 2.828 9.7
Bos mutus vilde yak 26,159 2.703 9.7
Bos taurus kvæg 35,061 2.715 12.9
Canis lupus familiaris hund 36.717 2.370 15.5
Chinchilla lanigera langhalet chinchilla 30.378 2.390 12.7
Felis catus kat 35.521 2.521 14
Gorilla gorilla gorilla 35.419 3.063 11.6
Homo sapiens human 44.507 2.861 15.5
Macaca mulatta Rhesus abe 40.164 2.970 13.5
Mus musculus husmus 42.823 2.689 15.9
Pan troglodytes chimpanse 40.769 3.050 13.4
Rattus norvegicus brun rotte 38,371 2.743 14
Sus scrofa svin 30.345 2.459 12.3

Genantal tælles ud fra antallet af genflag i den seneste version af en given art gtf-annoteringsfil. Husk, at velstuderede organismer sandsynligvis vil have højere gentællinger, fordi disse arter har bedre annotering, derfor er disse tal estimater til sammenligning.

Se også

Referencer