BRENDA - BRENDA
 | |
|---|---|
| Indhold | |
| Beskrivelse | molekylær og biokemisk information om enzymer, der er klassificeret af IUBMB |
| Kontakt | |
| Forskningscenter | Technische Universität Braunschweig, Institut for Biokemi og Bioinformatik |
| Primær henvisning | PMID 21062828 |
| Udgivelses dato | 1987 |
| Adgang | |
| Internet side | http://www.brenda-enzymes.org |
| Download URL | form |
| Web service URL | sæbe |
BRENDA ( The Comprehensive Enzyme Information System ) er et informationssystem, der repræsenterer et af de mest omfattende enzymlagre . Det er en elektronisk ressource, der omfatter molekylær og biokemisk information om enzymer, der er klassificeret af IUBMB . Hvert klassificeret enzym er karakteriseret med hensyn til dets katalyserede biokemiske reaktion . Kinetiske egenskaber for de tilsvarende reaktanter (det vil sige substrater og produkter) er beskrevet detaljeret. BRENDA indeholder enzymspecifikke data manuelt udvundet fra primær videnskabelig litteratur og yderligere data, der stammer fra automatiske informationshentningsmetoder såsom tekstminedrift . Det giver en webbaseret brugergrænseflade, der giver en bekvem og sofistikeret adgang til dataene.
Historie
BRENDA blev grundlagt i 1987 på det tidligere tyske forskningscenter for bioteknologi (nu Helmholtz Center for Infektionsforskning ) i Braunschweig og blev oprindeligt udgivet som en række bøger. Dets navn var oprindeligt et akronym for Braunschweig Enzyme Database . Fra 1996 til 2007 var BRENDA placeret på universitetet i Köln . Der udviklede BRENDA sig til et offentligt tilgængeligt enzyminformationssystem. I 2007 vendte BRENDA tilbage til Braunschweig . I øjeblikket vedligeholdes og videreudvikles BRENDA ved Institut for Bioinformatik og Biokemi på TU Braunschweig .
Opdateringer
En større opdatering af dataene i BRENDA udføres to gange om året. Udover opgraderingen af dets indhold, er forbedringer af brugergrænsefladen også indarbejdet i BRENDA -databasen.
Indhold og funktioner
Database:
Databasen indeholder mere end 40 datafelter med enzymspecifikke oplysninger om mere end 7000 EF-numre, der er klassificeret i henhold til IUBMB . De forskellige datafelter dækker information om enzymets nomenklatur, reaktion og specificitet, enzymstruktur , isolering og forberedelse, enzymstabilitet, kinetiske parametre som Km-værdi og omsætningstal , forekomst og lokalisering, mutanter og manipulerede enzymer, anvendelse af enzymer og ligand- relaterede data. I øjeblikket indeholder BRENDA manuelt kommenterede data fra over 140.000 forskellige videnskabelige artikler . Hver enzympost er klart knyttet til mindst en litteraturreference, til dens kildeorganisme og, hvor tilgængelig, til enzymets proteinsekvens. En vigtig del af BRENDA repræsenterer de mere end 110.000 enzymligander, som er tilgængelige på deres navne, synonymer eller via den kemiske struktur. Udtrykket "ligand" bruges i denne sammenhæng til alle lavmolekylære forbindelser, som interagerer med enzymer. Disse omfatter ikke kun metabolitter af primær metabolisme, co-substrater eller kofaktorer, men også enzymhæmmere eller metalioner. Oprindelsen af disse molekyler spænder fra naturligt forekommende antibiotika til syntetiske forbindelser, der er blevet syntetiseret til udvikling af lægemidler eller pesticider. Endvidere tilbydes krydshenvisninger til eksterne informationsressourcer såsom sekvens- og 3D-strukturdatabaser samt biomedicinske ontologier .
Udvidelser:
Siden 2006 er dataene i BRENDA suppleret med oplysninger fra faglitteratur ved en samtidig forekomst baseret tekst mining tilgang. Til dette formål blev fire tekstminedepoter FRENDA (Full Reference ENzyme DAta), AMENDA (Automatic Mining of Enzyme DAta), DRENDA (Disease-Related ENzyme information DAtabase) og KENDA (Kinetic Enzyme DAta) introduceret. Disse tekstminedata blev afledt af titlerne og sammendragene af alle artikler i litteraturdatabasen PubMed .
Dataadgang:
Der er flere værktøjer til at få adgang til dataene i BRENDA. Nogle af dem er angivet her.
- Flere forskellige forespørgselsformer (f.eks. Hurtig og avanceret søgning)
- EC træ browser
- Taksonomi træ browser
- Ontologier til forskellige biologiske domæner (f.eks. BRENDA vævsontologi , genontologi )
- Thesaurus for ligand navne
- Kemisk understruktur søgemaskine til ligandstrukturer
- SOAP interface
Tilgængelighed
Brugen af BRENDA er gratis. Derudover er FRENDA og AMENDA gratis for almennyttige brugere. Kommercielle brugere har brug for en licens til disse databaser via BIOBASE.
Andre databaser
BRENDA giver links til flere andre databaser med et andet fokus på enzymet , f.eks. Metabolisk funktion eller enzymstruktur . Andre links fører til ontologiske information om det tilsvarende gen af enzymet pågældende. Links til litteraturen etableres med PubMed . BRENDA linker til nogle yderligere databaser og lagre, såsom:
- BRENDA vævsontologi
- ExPASy
- NCBI -databaser (protein, nukleotid, struktur, genom, OMIM , domæner
- IUBMB Enzyme Nomenclature
- KEGG
- PDB -database (3D -oplysninger)
- PROSIT
- SCOP
- CATH
- InterPro
- ChEBI
- Uniprot
Referencer
Yderligere læsning
- Scheer M, Grote A, Chang A, Schomburg I, Munaretto C, Rother M, Söhngen C, Stelzer M, Thiele J, Schomburg D (2011). "BRENDA, enzyminformationssystemet i 2011" . Nukleinsyrer Res . 39 (Databaseproblem): D670–76. doi : 10.1093/nar/gkq1089 . PMC 3013686 . PMID 21062828 .
- Chang A, Scheer M, Grote A, Schomburg I, Schomburg D (2009). "BRENDA, AMENDA og FRENDA enzyminformationssystemet: nyt indhold og værktøjer i 2009" . Nukleinsyrer Res . 37 (Databaseproblem): D588–92. doi : 10.1093/nar/gkn820 . PMC 2686525 . PMID 18984617 .
- Schomburg D, Schomburg I, Chang A (2006). Springer Handbook of Enzymes (2. udgave). Heidelberg: Springer.
- Schomburg I, Chang A, Ebeling C, Gremse M, Heldt C, Huhn G, Schomburg D (2004). "BRENDA, enzymdatabasen: opdateringer og store nye udviklinger" . Nukleinsyrer Res . 32 (Databaseproblem): D431–433. doi : 10.1093/nar/gkh081 . PMC 308815 . PMID 14681450 .
- Pharkya P, Nikolaev EV, Maranas CD (2003). "Gennemgang af BRENDA -databasen". Metab Eng . 5 (2): 71–73. doi : 10.1016/S1096-7176 (03) 00008-9 . PMID 12850129 .
- Schomburg I, Chang A, Hofmann O, Ebeling C, Ehrentreich F, Schomburg D (2002). "BRENDA: en ressource for enzymdata og metabolisk information]". Trends Biochem Sci . 27 (1): 54–56. doi : 10.1016/S0968-0004 (01) 02027-8 . PMID 11796225 .
- Schomburg I, Chang A, Schomburg D (2002). "BRENDA, enzymdata og metabolisk information" . Nukleinsyrer Res . 30 (1): 47–49. doi : 10.1093/nar/30.1.47 . PMC 99121 . PMID 11752250 .
- Schomburg I, Hofmann O, Bänsch C, Chang A, Schomburg D (2000). "Enzymdata og metabolisk information: BRENDA, en ressource til forskning inden for biologi, biokemi og medicin". Gene Funct Dis . 3 (4): 109–118. doi : 10.1002/1438-826X (200010) 1: 3/4 <109 :: AID-GNFD109> 3.0.CO; 2-O .
