R balíček - R package

R balíčky jsou rozšíření na R statistický programovací jazyk . Balíčky R obsahují kód, data a dokumentaci ve standardizovaném formátu kolekce, který mohou uživatelé R instalovat, obvykle prostřednictvím centralizovaného softwarového úložiště, jako je CRAN (Comprehensive R Archive Network). Velký počet balíčků dostupných pro R a snadná instalace a používání je uváděn jako hlavní faktor při řízení širokého přijetí jazyka v datové vědě .

Ve srovnání s knihovnami v jiném programovacím jazyce musí balíčky R odpovídat relativně přísné specifikaci. Příručka Writing R Extensions určuje standardní adresářovou strukturu pro zdrojový kód R, data, dokumentaci a metadata balíku, což umožňuje jejich instalaci a načtení pomocí vestavěných nástrojů pro správu balíků R. Balíčky distribuované v systému CRAN musí splňovat další standardy. Podle Johna Chamberse , zatímco tyto požadavky „kladou značné nároky“ na vývojáře balíčků, zlepšují použitelnost a dlouhodobou stabilitu balíčků pro koncové uživatele.

Úložiště

Komplexní síť R Archive (CRAN)

Comprehensive R Archive Network (CRAN) je ústředním softwarovým úložištěm R, podporovaným nadací R. Obsahuje archiv nejnovější a předchozí verze distribuce R, dokumentaci a přispěly balíčky R. To zahrnuje jak zdrojových balíčků a předkládá sestavené binární soubory pro Windows a MacOS . K listopadu 2020 je k dispozici více než 16 000 balíčků. CRAN byl vytvořen Kurt Horník a Friedrich Leisch v roce 1997 s tím, že název paralelního jiné brzy balicí systémy jako je TeX je CTAN (vydáno 1992) a Perl 's CPAN (vydáno 1995). Od roku 2021 ji stále udržuje Hornik a tým dobrovolníků. Hlavní web se nachází na Vídeňské univerzitě ekonomie a podnikání a je zrcadlen na serverech po celém světě.

Stránka „Zobrazení úkolů“ (seznam předmětů) na webu CRAN uvádí širokou škálu úkolů (v oblastech, jako jsou finance, genetika, vysoce výkonné výpočty, strojové učení, lékařské zobrazování, sociální vědy a prostorová statistika), pro které jsou balíčky R k dispozici. Další způsob procházení balíčků CRAN poskytuje Metacran, který také udržuje seznamy doporučených, nejvíce stažených, trendových nebo nejvíce závislých na balíčcích.

Počet balíčků CRAN po mnoho let exponenciálně rostl a od roku 2018 bylo každý den provedeno průměrně 21 podání nových nebo aktualizovaných balíčků. Vzhledem k tomu, že každé podání je ručně kontrolováno malým týmem správců CRAN, z nichž mnozí se podle hlavního vývojáře R Petera Dalgaarda „blíží důchodovému věku“, existuje obava, že tento systém není dlouhodobě udržitelný. Růst CRAN odhalil omezení své infrastruktury pro správu závislostí , zejména skutečnost, že předpokládá, že závislosti vždy odkazují na nejnovější verzi balíčku, což znamená, že nová vydání balíčků CRAN musí být vždy zpětně kompatibilní a že balíčky CRAN nemohou mít závislosti, které nejsou na CRANu. Rovněž to vedlo k obavám z klesající kvality balíků.

Správce balíčků MRAN a RStudio

Microsoft R Application Network (MRAN) je zrcadlem CRANu udržovaného společností Microsoft, který je založen na následné distribuci společnosti R, Microsoft R Open (dříve Revolution R Open). Zahrnuje také archiv denních snímků CRAN označených jako „CRAN Time Machine“, který uživatelům MRAN umožňuje obejít omezení verzí závislostí CRAN instalací pevné sady verzí balíčků R prostřednictvím kontrolního bodu balíčku.

RStudio Package Manager je podobný nástroj vytvořený RStudio , který kromě snímků CRAN obsahuje archiv R balíčků z Bioconductor a Python balíčků z Python Package Index . Distribuuje také předkompilované binární balíčky pro Linux (v systému CRAN jsou zahrnuty pouze binární soubory pro Windows a macOS).

Další úložiště

Projekt Bioconductor poskytuje balíčky R pro analýzu genomových dat. To zahrnuje objektově orientované nástroje pro zpracování a analýzu dat pro data z Affymetrix , cDNA microarray a vysoce výkonných sekvenčních metod nové generace .

R-Forge je centrální platforma pro společný vývoj balíků R, softwaru a projektů souvisejících s R. R-Forge také hostí mnoho nepublikovaných beta balíčků a vývojových verzí balíčků CRAN.

Základní a doporučené balíčky

R je distribuován se čtrnácti „základními balíčky“: základ, kompilátor, datové sady, grDevices, grafika, mřížka, metody, paralelní, splajny, statistiky, statistiky4, tcltk, nástroje a nástroje.

Kromě toho existuje patnáct „doporučených balíčků“ od CRAN, které jsou součástí binárních distribucí R: KernSmooth, MASS, Matrix, boot, class, cluster, codetools, foreign, lattice, mgcv, nlme, nnet, rpart, spatial a přežití.

Další balíčky

Skupina balíčků zvaná Tidyverse , kterou lze považovat za „dialekt jazyka R“, je v ekosystému R stále populárnější. K datu 2020-06-13 uvedl Metacran 7 z 8 základních balíků Tidyverse v seznamu většiny stažených balíků R. Skupina balíčků se snaží poskytnout soudržnou kolekci funkcí pro řešení běžných úkolů v oblasti datových věd, včetně importu, čištění, transformace a vizualizace dat (zejména u balíčku ggplot2 ).

Balíčky R Infrastructure podporují kódování a vývoj balíčků R a od 2021-05-04 uvádí Metacran 16 z těchto balíčků mezi 25 nejstahovanějšími balíčky.

Viz také

Reference

Další čtení

externí odkazy